商丘医学高等专科学校建有实验中心，拥有基础医学、临床医学和相关医学实验楼3栋。标准实验室54个，重点实验室4个，实验课开出率达到100%。
临床医学系
设有内科学教研室（含传染病学）、外科学教研室（含五官科学）、妇产科学教 研室、儿科学教研室、诊断学教研室、预防医学教研室（含心理与精神病学）、中医学教研室共7个教研室。 拥有专兼职教师 224 人，其中副高以上职称 139 人，中级职称 47 人，教师队伍结构科学，实力雄厚，具有双师型素质教师占 80% 以上。并具有多名在省内外医疗系统和临床医学教育方面有一定影响的专家。
口腔医学系
致力于培养热爱口腔医学事业，具有从事口腔医疗、口腔预防保健及口腔技术工作综合能力，知识扎实，技能娴熟，能够适应口腔卫生工作一线需要的高素质应用型人才。现有口腔医学和口腔医学技术两个专业，口腔医学专业为省级特色专业建设点，口腔医学技术专业为省级教学改革试点专业。
医学技术系
医学技术系主要承担医学检验、医学影像两个专业的主要课程。重点培养面向临床，适应中国社会主义现代化建设需要的具备基础医学、临床医学、专业知识和技能的应用型人才。医学技术系注重师资队伍建设、教师的知识更新和操作技能的提高，拥有一支理论与实习教学一体化，科研能力强，态度认真，责任心强，教学手段先进，教学效果良好的“双师型”教师队伍，教师队伍学历结构、年龄结构、学缘结构合理、稳定，梯队建设良好。任课教师有丰富的专业学术背景及经验，在教学中不断探索和改进教学方法，注重将现代教育技术在日常教学中的应用，及自身的业务水平提高。
基础医学部
成立于 2004年9月 , 是学校最早建立的部系之一。现有人体解剖学与组织胚胎学、生理学、 生物化学、病理学、药理学、 医学生物学与免疫学等 6个教研室，人体解剖学与胚胎学、病理解剖2个标本陈列室，以及形态学、机能学2个综合实验室和1个基础医学研究中心。 基础医学部现有专职教职工69人，其中高级职称18人，具硕士研究生及以上学历12人。每年承担学校各专业基础必修课20余门次。在学科建设方面，人体解剖学与组织胚胎学为校级重点学科，人体解剖学与组织胚胎学和生物化学被确定为校级精品课程，药理学为省级精品课程，已申报国家精品课程，并于2007年被评定为省级优秀教师团队。
公共学科部
在“明德至爱、励学善思”校训的影响下，逐步建立了一支爱岗敬业、治学严谨、职称结构合理、师资力量雄厚的高素质教师队伍。教师70余人，具有副高级以上职称者10人，讲师10人，研究生及以上学历者9人。
公共学科部下设化学教研室、数理教研室、英语教研室、文学艺术教研室、体育教研室，主要承担医用化学、无机化学、有机化学、分析化学、数学、医学物理学、影像电子学基础、英语、语文、人文修养、文学欣赏、艺术欣赏、书法鉴赏、美术鉴赏、音乐鉴赏、体育等课程的教学及科研任务。随着学校对公共学科部软、硬件建设投入的加大，该部现已拥有语音室座位250多个，400米跑道标准田径运动场和标准的足球场、篮球场、排球场、网球场、羽毛球场、形体训练房等运动场所，其中室内运动场所面积3000余平方米，各类场所均配有完善的设施及相关器材，较好地满足了体育教学等方面的需要。
公共学科部重视提高教师的思想政治素质和教学业务水平，经常开展教学技能培训及比赛活动，多次在各级各类教学竞赛及评比中取得了优异成绩。通过加强学科建设、培养与引进高层次人才等措施，在提高办学层次、教育质量和学术水平等方面都实现了跨越式发展，承担省市级科研教改课题10余项，发表学术论文50余篇，主编、参编教材和专著多部，获得国家专利2项。2008年，公共学科部党总支被评为“省级先进基层党组织”。
