医学院是绍兴文理学院下属规模较大的二级学院，其前身是浙江省绍兴卫生学校，迄今已有101年的办学历史。为适应地方卫生事业迅速发展的需要，提升医学人才培养层次，2000年3月，浙江省绍兴卫生学校并入绍兴文理学院组建医学院。原浙江医科大学党委书记、副校长吕世亭教授担任医学院首任院长，现任院长为学校附属第一医院（绍兴市人民医院）院长郭航远教授、主任医师。
医学院有悠久的临床医学专业办学历史。其中在1958～1965年（绍兴医学专科学校办学期间），学校曾开设3年制医疗专修科和4年制中医专修科2个专业，培养了274名专科生。1978～1982年（浙江医科大学绍兴分校办学期间），学校又开办了3年制医疗专修科专业，为社会培养了100名大专生；这批校友现已成为浙江省各级医疗卫生单位的业务精英和管理骨干。1992年10月，时任国家卫生部部长陈敏章充分肯定绍兴卫校的人才培养工作，欣然题词——“卓育英才”。医学院成立伊始，2002年开设临床医学三年制专科专业，2005年就正式开始招收临床医学五年制本科专业学生。2015年11月通过教育部临床医学专业认证，2025年开始培养海外留学研究生。2025年开始在国内招收临床医学专业硕士研究生（同时进行国家住院医师规范化培训）。
目前，医学院设有基础医学部、临床医学部、护理系、医学检验系、医学实验中心等5个教学单位，开设临床医学、护理学、医学检验技术、医学影像技术、康复治疗学、运动康复等6个本科专业，在校生1750余人。学院积极开展临床医学等专业的继续教育，为社会培养医学人才。学院下属的绍兴文理学院司法鉴定中心是浙江省4家通过国家认证认可的鉴定中心之一，为化解社会矛盾、服务教学科研做出了积极贡献。
