学校坚持“校企院合作、集团化办学”的办学模式，联合全国172家知名职业院校、医疗卫生机构和医药企业，牵头成立了重庆医药职业教育集团。依托职教集团，成立了校院企深度合作的“亚信学院”、“太极学院”、“鸿翔学院”、“华博学院”、“迈克学院”、“忆念美学院”、“宽仁康复学院”、“助产士学院”、“柯渡医疗设备管理维护工程中心”、“希尔安班”等。有近三分之一的毕业生在集团内就业。学校有中央财政支持的药物制剂技术高等职业教育实训基地和护理高等职业教育实训基地、有地方财政支持的生物制药技术高等职业教育实训基地；有重庆市高职高专院校中首家工程技术研究中心、重庆高校中首家模拟GMP药学实训工厂。有重庆市医学检验试剂研究所等独立设置的研究机构；有1所附属医院、11所非直管附属医院、18所教学医院及大中型制药厂、医药公司、医院等校外实习基地100多家。近三年毕业生平均就业率98%以上，学生职业资格考试通过率、双证获取率97%以上，专业对口率96%以上。重庆市教育评估院最近连续三年评估数据显示，我校毕业生就业率、就业质量等多项指标名列全市高职高专院校前茅。
学校位于文化氛围浓郁的重庆大学城，这里青山常翠、碧水常流，高校云集、英才荟萃，这里资源共享、教师互聘、学分互认、课程互选、信息互通。新型的教育城、人才城、科技城、生态城为重庆医药高等专科学校提供了得天独厚的发展空间。
学校秉承“以生为本，立德树人”的办学理念，弘扬“笃学求真，懿德善能”的校训，发扬“求同存异，齐心协力”的团队精神、“知难而进，追求卓越”的进取精神、“负重自强，艰苦奋斗”的创业精神、“甘于奉献、勇于担当”的敬业精神、“救死扶伤、精益求精”的职业精神，遵循“弘德善教，爱生律己”的优良教风和“修德勤学，尊师守纪”的优良学风，紧贴重庆和西部地区基层医疗卫生事业、药品生产经营行业、健康相关产业发展需要，培养具有良好医药人文素养和发展潜质的高素质技术技能型专门人才。努力把学校建设成为优势突出、特色鲜明、西部领先、国内知名的医药高等职业院校。
