河南中医药大学有4个国家级高等学校特色专业建设点、2个国家级“专业综合改革试点”项目、7个省高等学校特色专业建设点、7个省级高等学校“专业综合改革试点”项目、6个省高等学校实验教学示范中心、17门省级精品课程。2011年，河南中医药大学有11项教学研究成果获该年度河南省高等教育教学成果奖，其中特等奖1项、一等奖6项、二等奖4项；2013年，河南省第八届教学成果奖公布，河南中医药大学获特等奖一项、一等奖2项。
河南中医药大学有国家中医药管理局中医药重点学科24个；河南省一级重点学科8个，二级重点学科2个；一级硕士学位授权学科7个（覆盖55个二级硕士学位授权点），一级博士授权学科2个（覆盖13个二级博士学位授权点）。
家中医药管理局中医药重点学科：推拿学、中医实验动物学、中医预防医学、中医脑病学、中药鉴定学、针灸学、各家学说、伤寒学、中医养生学、中医男科学、中医妇科学、中医护理学、中医全科医学、中医康复学、中医文化学、中医传染病学、中医心病学、中医肝胆病学、中医肺病学、临床中药学、中药化学、中医基础理论、中医儿科学、方剂学。
河南中医药大学与世界近50所大学、科研院所、医院等实现了教学、科研、医疗等方面的合作，在中医药科学研究、人才培养、文化传播等方面开发了一系列中外合作项目，开展校地、校企合作，在卢氏、济源、西峡等地建有14个中药材规范化种植示范基地，承担全省30多个、70余万亩中药材规范化种植基地的技术指导任务，与宛西制药、羚锐制药、辅仁药业、太龙药业等多家企业开展了合作，与济源市、新乡市、信阳市新县、焦作市人民政府等签订了校地合作协议，在人才培养、医院建设与医疗服务、中医药资源开发、中医药产业等方面开展合作。
河南中医药大学有科技部合作基地1个、国家中医药管理局研究基地1个、省级高校人文社科基地1个、省级研究基地1个、省级高校重点实验室培育基地3个；拥有2个国家中医药管理局重点研究室，6个国家中医药管理局三级实验室，省级协同创新中心1个，省级重点实验室2个，省级工程技术中心3个，省级工程实验室1个，省级高校工程技术研究中心3个，省级高校重点学科开放实验室3个。
