医学系目前设有高护、助产专业、医学检验技术、康复治疗技术4个高职专业，并保留护理、药剂、助产、医学检验、农村医学等中职专业。作为石河子大学的校外办学点，承担了临床医学大专、本科和护理本科的成人教学，以上各专业招生情况良好。2005年8月医学系与上海二医大卫校签定联合办学协议，联合开设护理、医学检验、口腔工艺等中专专业。医学系为医疗卫生系统输送了20000多名优秀的医疗卫生技术人才，受到了用人单位的普遍好评，赢得了良好的社会信誉。
学院以“艰苦奋斗、勤俭办学、教师为本、学生至上”为办学思想。以“立足南疆，面向市场，服务地区经济发展和社会进步，以就业为导向，突出少数民族高职教育特色，培养适应生产、建设、管理、服务第一线需要的用得上、留得住、下得去的应用型专门技术人才”为办学定位。力争通过5—10年的努力，把学院建成新疆一流、全国知名的高等职业技术院校，使学院成为南疆本土特色较强的高职教育研究中心；推广新技术的生产力促进中心；专业技术人才的培养中心。为促进地区乃至整个南疆的经济发展和社会进步提供强有力的人才、智力和技术支持。
学院规划占地面积2000亩，现有土地面积1001亩，现有建筑面积约8.6万平方米.学校目前有3个教学活动区；东校区（主校区）、西校区（原地区农校）和医学系（原地区卫校）。2002—2003年完成了一期总投资4800万元工程建设任务，新增建筑面积30300平方米，图书馆建筑面积4600平方米，综合实验楼建筑面积5000平方米，学生宿舍楼建筑面积6300平方米，学生食堂建筑面积2400平方米及附属配套设施。二期工程于2004年全面开工，二期工程有学生宿舍楼3200平方米、医学系实训楼5000平方米、机电水利系实训楼5000平方米及配套设施。三期工程总投资约3800万元，已于2005年9月底建成并投入使用。
学院现有农牧、理工、医学、财经、计算机、语音等46个实验（实训）室。有校内外实习工厂、实习农场、实训基地28个。拥有200座的多媒体教室3个，教学用计算机390台。学院规划藏书40万册，现有图书15.5万册,，其中普通图书14.7万册，期刊合订本0.8万册。另有电子图书5.8万册。
