2001年，经市政府批准在学校成立厦门医学高等专科学校筹建处，负责组建厦门医高专工作,2002年厦门医高专通过省高校设置评审委员会考察，经省长常务会、省委常委会议决定，报教育部验收，医高专已于2003年秋季开始招生。厦门医学高等专科学校系厦门市政府举办，在厦门卫生卫生学校的基础上筹建.2007年元月29日，全国高等学校设置评议委员会第五届一次会议在哈尔滨市举行，经过委员会专家投票表决，厦门医学高等专科学校获得通过。在2007年3月16日传来了又喜讯,根据中华人民共和国教育部教发函（2007）45号文件，同意在厦门卫生学校基础上建立
厦门医学高等专科学校按照市委、市政府“举全市之力，按照我市海湾型城市发展的要求，本着高起点、高质量、突出优势、形成特色，办好厦门医学高等专科学校”的要求，学校充分发挥厦门经济特区的区域优势，开拓创新锐意进取，已经具备了雄厚的师资力量、先进的教学设施和完善的临床教学基地。学校由校本部、附属医院、研究所和临床检验中心组成。
学校现有专任教师107人，其中硕士、博士37人，占35%；教授6人、副教授和高级讲师38人，占41%；近五年学校教师参编卫生部规划教材16部，其中主编3部、副主编2部；10多名教师分别担任全国、省、市有关学会、研究会的会长、理事长、常务理事、秘书长等学术职务。学校教学设备价值2254万元，图书馆藏书14万册， 2/3的教室具有多媒体与网络教学功能。
学校拥有良好的办学基础设施。按照专科学校建设标准，厦门市政府新建了组建中的厦门医学高等专科学校校园。新校园位于厦门市思明区前埔岩前水库片区，新校区设计与目前厦门规划的海湾型城市相适应，空间形象有强烈的时代特征，同时不失其独特的空间特点和社会文化机理，是一所规划理念新、有新意和创新精神、符合实际、充满活力、生机的、医学高等专科院校校园。
学校占地 200亩，一期工程建筑面积48,202平方米，其中教学用房24,438 M²。校本部拥有教学设备总价值2254万元，多媒体教室42间，语音室3间220座位。图书馆面积3200平方米，藏书14万册，期刊319种。
学校积极开展医学高等教育，积累了一定的高等医学教育教学和管理经验。学校1979—1983年曾办过临床医学大专班，从1998年起，学校先后与福建医科大学、福建中医学院、厦门大学医学院联办口腔医学、护 理学、口腔工艺技术、临床医学、卫生信息管理等专科专业。几所高校对学校开展了全面的考察与评估，进行多门学科抽考，他们一致认为学校完全能够胜任医学高职教育。通过医学高职教育实践，使学校积累了开办大专层次医学教育的经验，初步掌握了医学专科及高职医学教育的规律，逐步探索出一条培养高等应用型卫生技术人才的路子。此外，学校还拥有以下许多较完善的临床教学基地。
