阿克苏职业技术学院医学院于1959年建立，学校是一所公办普通专科高等院校。办学数十年，学校各项基础条件完善，师资力量雄厚，学校建筑面积达3400平方米拥有集教学—训练—考评—培训—服务“五位一体”的临床医学类基础和专业实训室30间，可完成临床基础课程和专业课程的实训教学。并且与疆内38家医疗卫生机构签订了院校合作实习实训协议，可满足全部学生100%临床见习与实习的需要。
目前，医学系设有高护专业（含助产方向）包括：三年普通高职、五年一贯制高职、成人高职，另还保留原中专专业：护理、药剂、助产等。2005年8月医学系与上海二医大卫校签定联合办学协议，联合举办中专护理、医学检验、口腔工艺 等三个专业；另外，医学系作为石河子大学的办学点，与石河子大学医学院签定联合办学协议，办有临床医学大专、本科，护理本科。
医学系护理专业作为学院发展的重点专业之一,现有独立的教学、实验大楼。有较完善的校内实验实训基地，如：解剖、生化、药理、生理、病理、微生物与免疫、基础护理、临床示教等实验室。学院非常重视对医学系教学投入，在2003年就投入近50万元为护理专业购置设备，加强实验室的建设。
招生计划|
专业 代码 |
专业名称 | 科类 | 三校生 100 | 单招 160 | 直升专200 | ||||||
| 汉语言 | 民考汉 | 民考民 | 汉语言 | 民考民 | 双语班 | 汉语言 | 民考汉 | 民考民 | |||
| 计划数 | 计划数 | 计划数 | 计划数 | 计划数 | 计划数 | 计划数 | 计划数 | 计划数 | |||
| 620201 | 护理 | 兼 | 10 | 40 | 40 | 5 | 50 | ||||
| 620403 | 医学影像技术 | 理 | 10 | ||||||||
| 620501 | 康复治疗技术 | 兼 | 10 | ||||||||
| 630302 | 会计 | 兼 | 5 | 5 | 20 | 20 | 20 | 4 | 5 | 23 | |
| 540503 | 建筑经济管理 | 兼 | 20 | 3 | |||||||
| 560702 | 汽车检测与维修技术 | 兼 | 15 | 15 | |||||||
| 580401 | 现代纺织技术 | 兼 | 22 | ||||||||
| 510301 | 畜牧兽医 | 兼 | 10 | 15 | 15 | ||||||
| 610303 | 通信系统运行管理 | 兼 | 20 | 13 | 15 | ||||||
| 670120K | 现代教育技术 | 兼 | 30 | ||||||||
