从学校办学之初就确定了目标与方向，并且一直以来都是这样做到的，学校始终坚持“立足兵团、服务新疆、面向全国、辐射中亚”的办学定位，坚持“以服务为宗旨，在贡献中发展”的办学理念，坚持“以兵团精神育人，为维稳戍边服务”的办学特色，成为维稳戍边、建设边疆的重要力量。
石河子大学医学院的前身是中国人民解放军第一兵团卫生学校，1949年建校于甘肃天水，1949年10月随军进疆，先后经历了新疆军区卫校、兵团医学专科学校、兵团医学院、石河子医学院、石河子大学医学院等几个发展阶段。 建院50多年来，为国家培养各级各类医药卫生技术人才1.7万名，遍布天山南北、祖国各地，为地方和国家医药卫生事业的发展和社会进步作出了贡献。
校现有经济、法、教育、文、历史、理、工、农、医、管理、艺术等11大学科门类。拥有8个一级学科博士学位授权点，26个一级学科硕士学位授权点，16种硕士专业学位授权类型，90个本科专业（具备招生资格专业92个），3个博士后流动站（科研工作站）。现有国家一流建设学科1个，国家级重点(培育)学科2个，自治区重点学科10个。有国家级教学团队3个、教学名师2人，国家级精品课程4门、特色专业建设项目5个、卓越人才培养计划项目试点专业6个、实验教学示范中心1个，双语教学示范课程1门，教育部精品视频公开课3门，国家级精品资源共享课2门，国家大学生创新创业训练计划项目661项。学校设有国家大学生文化素质教育基地、校外实践教育基地，是教育部卓越（医生、工程师、农林人才）教育培养计划项目试点高校。
学校拥有良好的教学、科研条件。校园面积179.4万平方米，校舍面积125.75万平方米，实验室、实习场所面积26.97万平方米，绿化覆盖率41％。拥有设施完善的图书馆、体育馆、游泳馆、田径馆、标准体育场、会堂、综合教学楼等一批标志性建筑，有附属医院4个。学校2011年被评为“全国文明单位”。
学校现有教职工2571人，专任教师1489人，中国工程院院士1人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授3人，国家“973计划”项目首席科学家2人，教授241人、副教授597人。拥有教育部创新团队2个，黄大年式教师团队1个，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划” 10人，省部级突出贡献专家9人，省级高层次人41人。
学校面向全国31个省（市、区）招生，现有在校生41832人，其中普通本科生21927人，普通专科生1117人，硕士、博士研究生3928人。学校本科毕业生就业率连续多年保持在90%以上。近年来，学校先后荣获“全国普通高校毕业生就业工作先进集体”、“全国毕业生就业典型经验50所高校”等荣誉称号。
